答:《靈樞經》所指出的井穴位置皆在各指趾之端，而《甲乙經》所述各井穴位置與《靈樞經》頗有出入，《甲乙經》除將中沖穴定在中指之端,湧泉穴定在足心.及大敦穴部位稍有不盡一致之外,其他各井穴位置,大都定在各經循行指的去爪甲角如韭葉處。自《甲乙經》以後,各主要針灸著述皆宗於《甲乙經》之說。而對醫經原始之作《靈樞經》上關於井穴的記載,卻反而不再去研究它。

《靈樞經》認為井穴是經絡之氣發源的所在,有著重要的治療作用，「病在臟,取之井」。表明井穴是治療五臟重症的要穴。然而有說井穴氣血微少不足使為補瀉(見難經第七十三難)者，而提出「當刺井者,以滎瀉之」,「當補井者,以合補之」的主張，竟欲棄井穴而不用。這也或許是醫家對於井穴的位置認識有其矛盾所致。關於井穴的位置，大至有下列演變:

1.《靈樞經·本輸篇》及《靈樞經·經脈篇》井穴皆在指端:《靈樞經·本輸篇》有關井穴位置的記載，除湧泉在足心外，「少商者,手大指端內側也。」「隱白,足大指之端內側也。」這兩經加了「內側」兩字。其他井穴位於各經循行指的指端，《靈樞經·經脈篇》條文所述無論經脈所起和經氣所出,亦皆在指端,與《本輸篇》記載基本相同。甚至說"腎足少陰之脈,起於小指之下,邪走足心。"連腎經亦起於(足小)指端。《靈樞》將多數井穴位置定在指端,現在一些針灸家慣用的十宣穴也在指端,用於治療中風閉證或高熱驚風等證.有著顯著的治療效果,恰恰是"病在臟、取之井"的不謀之合，只是十個穴與十二個穴的區別而已。

2.在《靈樞經·繆刺篇》關衝及商陽加了「去端如韭葉」，隱白加了「內側爪甲上去端如韭葉」，少商加了「內側去端如韭葉」:這裡的「端」仍是指端,去端僅韭葉之距離,是指指端正中,,即今之「十宣」之位置。「去端如韭葉」五個字在《素問·繆刺論》中用得很普遍。隱白穴少商穴為「大指內側,去端如韭葉」此二穴均提到大指〈趾〉「內側」之說,不同於他穴,但仍與《靈樞·本輸篇》同。「內側」應係指「橈側」,這實際上仍應係在指端。

3.甲乙經中一些穴位已由「端」移至「角」。如關沖、厲兌、大敦、少沖、竅陰、至陰等穴為「去爪甲角如韭葉」。

4.唐代時井穴位置除中沖湧泉外已全部由「指(趾)端」移至「爪甲角」。可以說由漢代歷經晉代至唐代而逐步定形。

那麼,為甚麼會造成這種穴位位置變異呢?有人推測認為,可能係1.同指(趾)二穴,需要避讓。大敦、隱白皆位於足大趾,不可能皆擠在趾端正中,於是兩個穴分別分佈於大趾兩邊，《甲乙經》增補一少沖穴,為心經之井,中沖改為心包經之井,由於少沖與少澤同位於一指，也不可能皆擠在趾端正中,於是少澤穴也就由"小指之端"改到了"去爪甲下一分陷者中"。如此一來,連湧泉、中沖就已有四個位於"爪甲角",最後連其他穴也最終移開了指趾端。2.避刑法之嫌，古有酷刑,以竹簽刺入指端,稱為"簽爪"。為避免如同刑法而避開穴位。

因而有人認為對於井穴之運用宜有所變通，建議一指一穴者當位於指端，一指二穴者當如現行。其理由為:如此較易取穴，剌指端,較刺甲旁方便；指端為陰陽之界,陰經陽經交合於此,若井穴皆在爪甲角,豈不陰經之穴亦跑到陽位了。並且認為這是回歸《靈樞經》，有利於井穴位置的統一。

這些理由乍看之下有其一定道理。但若從經絡循行發展來看，個人認為井穴位置的變異，應係一種進步的過程與結果。靈樞經穴位並不全，《甲乙經》才補足了十二經的五輸穴。《靈樞經》井穴原皆位在指端，也就是現在的十宣位置。謂之「陰陽之界,陰經陽經交合於此」並不全然合理,事實上這些部位皆在白肉部位，距離黑肉有一段距離，仍應屬陰面，不能謂之陰陽之界,但為甚麼治療中風閉證或高熱驚風等證.有著顯著療效，從對應理論來看，十宣位在指趾頂端剛好對應於頭頂，與神志相關，當然治之特效。

現今之井穴位置雖與靈樞經有出入，然而卻與十二經絡之循行相合，如少商為肺經井穴，手太陰肺經循行於大指內(撓)側，少商即在「大指內(撓)側，去爪甲如韭葉(《針灸大成》)」；商陽為大腸經井穴，手陽明大腸經即在「手大指次指內側，去爪甲如韭葉(《針灸大成》)」，其於各經井穴位置皆與經絡循行符合。所謂「去爪甲如韭葉」正是穴位關鍵所在，即以少商及商陽取穴為例，以指甲直線與底線之轉角如韭葉之距離取穴，此一位置適在黑白肉之交會處，稍一外偏便是白肉，可以說也就是陰陽之交會處，井穴之特色即是交陰陽，今日之位置不正是與其作用相合嗎?