答:子午流注起源於內經，據「素問、六微旨大論」歧伯曰：「天氣始於甲，地氣始於子，子甲相合，命曰歲生，謹候其時，氣可與期」。又曰：「言天者求之本，言地者求之位，言人者求之氣變，天氣下降，氣流於地，地氣上升，氣騰於天，故上下相召，升降相困，而變作矣」，又「六節藏象論篇」歧伯曰：「天以六六為節，天有十日，日六竟而週甲，甲六復而終歲，三百六十五日法也」。

皇甫謐在《針灸甲乙經‧卷一五臟變腧第二》中說:「人有五臟五臟有五變五變有五腧。故五五二十五腧以應五時，」指出辨證取相應五輸穴治療的方法。在《氣息周身五十營四時日分漏刻第九》，論述了「歲有十二月，日有十二辰，……衛氣之行一日一夜五十周於身，昼日行於陽二十五周，夜行於陰亦二十五周，周於五臟……」並說明謹候氣之所在而刺之，是謂逢時，病在三陽，必先候氣之加於陽分之時而刺之，病在三陰，必先候氣之加於陰分之時而刺之，僅候其時，並可與期。指出辨証擇時選穴治療的重要性。

靈樞經將衛氣運行置於第七十六篇，甲乙經則置於卷一，突出病在三陽，必先候氣之加於陽分之時而刺之，病在三陰，必先候氣之加於陰分之時而刺之，並增加心臟五穴，共為六十六穴(心經五穴，靈樞經本輸篇並未記載，皇甫謐於甲乙經補入)。六十六穴手不過肘，足不過膝。從此看來子午流注時間針法之法雖未確立，但皇甫謐時已有子午流注時間針法的思想。

子午流注針法的確立最早見於宋元時期，閻明廣的《子午流注針經》書中全面敘述了納甲法開穴方法與原則，是現存最早的子午流注專著。而納子法與補母瀉子的結合關係首見於宋朝丁德用對《難經》第七十二難的注文中，其後明之高武在《針灸聚英》中始規則化而成現今之納子法。

明朝時，徐鳳在閻明廣的《子午流注針經》的基礎上，於《針灸大全》中正式完成了子午流注療法的規律，此法是以每日氣血流注，由子到午，由午到子，手足三陰三陽十二經，氣血流行上下往返一次，需時二刻，而週遍全身為一度，水下百刻氣行五十度，一晝夜為九十六刻有奇，氣行四十八度有餘。子至午為陽，午至子為陰，「病在於三陽，候其氣之在於陽分而刺之，病在於三陰，候其氣之在於陰分而刺之」。徐氏根據這些理論，利用陰陽五行與天干地支的環變組合法，把十二經依表裡關係納入十天干中，並巧妙的把六十六穴按氣行所在，公定在十二時上，正式的完成了子午流注的規律。

此一學說幾百年來，雖然有人議論紛紛，那是由於沒有對此一方法深入研究所致，但也有不少祖先總結了他們豐富的經驗，提供了他們寶貴的心得，這是一種值得研究的針灸療法。